1- صورتهاي مالي

 صورتهاي مالي آنها با هم متفاوت است چون انگيزه تاسيس سازمانهاي بازرگاني تحصيل سود است و لذا صورت سودو زيان يكي از صورتهاي مالي اساسي موسسات بازرگاني است، در حاليكه در حسابداري موسسات دولتي به صورت دريافت و پرداخت يا صورت درآمد و هزينه اكتفا مي شود. همچنين در حسابداري بازرگاني، ترازنامه وضعيت دارائيها و بدهيها و حقوق صاحبان سهام را در يك تاريخ معين نشان مي دهد، در حاليكه در حسابداري دولتي دارائيهاي ثابت به محض خريد به حساب هزينه منظور مي شوند و انعكاس آنها در ترازنامه ميسر نيست لذا اين ترازنامه نمي تواند وضعيت مالي موسسه را در يك تاريخ معين نشان مي دهد.

2- لزوم رعايت كنترل بودجه اي :

 در حسابداري دولتي نگهداري حساب درآمد و هزينه عمدتا به منظور كنترل بودجه مصوب صورت مي گيرد، لذا اهميت كنترل بودجه در سازمانهاي دولتي كمتر از اهميت اندازه گيري سود ويژه در حسابداري بازرگاني نيست. كنترل بودجه در موسسات بازرگاني به اندازه حسابداري موسسات دولتي قابل  ملاحظهنمی باسد

3- لزوم نگهداري حسابهاي مستقل :

در حسابداري دولتي هر منبع مالي يك حساب مستقل محسوب و از نقطه نظر حسابداري مانند يك موسسه مستقل با آن برخورد مي شود. لزوم نگهداري حسابهاي مستقل موجب مي شود كه سيستم حسابداري مورد استفاده متناسب با اين ضرورت تغيير نمايد. بنابراين حسابداري حسابهاي مستقل در دولت با حسابداري بازرگاني تفاوتهايي دارد.

4-تفاوت در نحوه ثبت دارائيهاي ثابت:

در حسابداري دولتي دارائيهاي ثابت به محض خريد به حساب هزينه منظور مي شوند در حاليكه در حسابداري بازرگاني دارائيها در موقع خريد به بهاي تمام شده به حساب دارايي منظور مي گردند و سپس به تدريج و براساس عمر مفيد به حساب هزينه منعكس مي شوند.

5-تفاوت در مبناي حسابداري:

در حسابداري دولتي مبناي نقدي يا نقدي تعديل شده و يا نيمه تعهدي مورد استفاده قرار مي گيرد ليكن در حسابداري بازرگاني به لحاظ رعايت اصل وضعيت هزينه هاي يك دوره از درآمدهاي همان دوره فقط از مبناي تعهدي كامل استفاده مي شود. در سيستم نقدي دريافت و پرداخت وجه مبناي ثبت درآمد يا هزينه است، در حاليكه در سيستم تعهدي كامل تحصيل درآمد يا تحقق هزينه مبناي ثبت درآمد يا هزينه در دفاتر مي باشد و زمان دريافت و پرداخت وجه آنها مورد توجه قرار نمي گيرد.